Las 9 Ryu que conforman la Bujinkan poseen cada una sus propias características, tanto en sus filosofías como en sus técnicas, estas son las siguientes:
Togakure Ryu: transmisión de Ninjutsu, Siglo XII
Gyokushin Ryu: transmisión de Ninjutsu, Siglo XVI
Kumogakure Ryu: transmisión de Ninjutsu, Siglo XVI
Gyokko Ryu: transmisión de Kosshijutsu, Siglo XII
Koto Ryu: transmisión de Koppojutsu, Siglo XVI
Gikan Ryu: transmisión de Koppojutsu, Siglo XVI
Takagi Yoshin Ryu: transmisión de Jutaijutsu, Siglo XVI
Shinden Fudo Ryu: trasnmision de Jutaijutsu Siglo XII
Kukishinden Ryu: transmission de Happo Hiken,Siglo XVI
Kumogakure Ryu: transmisión de Ninjutsu, Siglo XVI
Gyokko Ryu: transmisión de Kosshijutsu, Siglo XII
Koto Ryu: transmisión de Koppojutsu, Siglo XVI
Gikan Ryu: transmisión de Koppojutsu, Siglo XVI
Takagi Yoshin Ryu: transmisión de Jutaijutsu, Siglo XVI
Shinden Fudo Ryu: trasnmision de Jutaijutsu Siglo XII
Kukishinden Ryu: transmission de Happo Hiken,Siglo XVI